城之内使用‘赫谟之爪’的力量和‘真红眼黑龙’结合，从而战胜了龙崎。另一方面，暗游戏使用‘蒂迈欧之眼’向羽蛾反击却发动不了，这时羽蛾作出了激怒暗游戏的举动而惨遭鞭尸。

暗游戏和杏子遇到了神秘老人艾亚哈特，在他带领下来到了‘石之荒野’。在这个死灵之地，暗游戏遇到了原本人格的游戏。两个游戏开始了一场决斗。

在‘石之荒野’，‘奥利哈刚战士’出现在暗游戏面前。面对拥有再生和强化能力的‘奥利哈刚巨灵’，暗游戏必须借助‘蒂迈欧’的力量。

多玛三剑客之一的巴龙追求着孔雀舞。这时路过的蕾贝卡和御伽向巴龙发起决斗挑战。先攻的巴龙召唤出了攻击力0的盔甲怪兽。

在海马兄弟乘坐的专用喷气式飞机上，亚美鲁达突然出现。海马和亚美鲁达的决斗再次开始。亚美鲁达召唤出了王牌怪兽‘魔空要塞’。这时喷气式飞机开始不稳定了。圭平跑去驾驶仓联系到矶野让人教他操纵方式。

海马赢了亚美鲁达，操纵飞机，进行迫降。在最后关头因为海马想要保护弟弟圭平的信念，引发了‘奇迹’，三条龙共鸣现身帮助飞机进行迫降，使飞机平安降落。

海马和游戏相会，调查到了达姿的身份是帕拉蒂斯公司的总裁。

而另一边巴龙用摩托车把城之内一人引导过来，和情敌城之内的决斗终于开始了。

城之内和巴龙的决斗持续着在城之内终于使出了‘赫谟之爪’，然而未能因此战胜巴龙。面对巴龙的盔甲怪兽，城之内也让怪兽和自身结合来应对。城之内穿上“真红眼黑龙”的盔甲化身成‘真红王’。

城之内和巴龙的决定迎来最激烈的时刻，在一旁观看的孔雀舞也热血起来。城之内战胜巴龙后，马上对孔雀舞发起挑战！

城之内和孔雀舞的决斗持续着，最后因城之内早已因与巴龙的对决而筋疲力尽输给了孔雀舞。

孔雀舞战胜城之内后，打算脱离多玛而向拉菲鲁要见BOSS达姿。暗游戏等人来到多玛的大楼时，遇到的是被拉菲鲁打败后失去灵魂的孔雀舞。暗游戏乘电梯来到楼顶，这里等待他的是多玛三剑客最后一位——拉菲鲁。

拉菲鲁使用了‘奥利哈刚的结界’强化了自己的‘守护者’怪兽并召唤出了王牌‘守护者·艾托斯’。防守住猛烈攻击后的暗游戏召唤出了‘咒符龙’消灭‘艾托斯’，这时拉菲鲁得以召唤出更加强大的‘守护者·戴思塞斯’。

面对‘守护者·戴思塞斯’的不死能力，暗游戏不断使用‘黄泉天轮’的效果复活怪兽来防守。最后暗游戏选择复活‘守护者·艾托斯’对抗拉菲鲁，并赌上城之内的‘赫谟之爪’的能力。

根据拉菲鲁所给的地图，得知了达姿的所在地，于是暗游戏、海马等人乘坐直升机来到了南方大海上的一个孤岛。岛上的暗黑神殿里存放着寄有败者的灵魂的石板。于是，暗游戏和海马对战达姿的决斗开始了。

暗游戏和海马召唤出了‘究极龙骑士’向达姿发起直接攻击，然而达姿毫发无损。达姿召唤出仪式怪兽‘奥利哈刚的反射镜’并特召出4只‘反射镜子骑士’向暗游戏、海马的怪兽发起攻击。

海马破坏了‘奥利哈刚的反射镜’，4只‘反射镜子骑士’的真面目竟然是游戏、城之内、孔雀舞和贝卡斯的灵魂。暗游戏无法对他们发起攻击，虽然海马毫无顾忌地发起攻击，但‘反射镜子骑士’的特殊能力实在难缠。

达姿发动了第三重结界‘奥利哈刚之气’。海马使用‘克里底亚之牙’的力量召唤出了‘反射镜力龙’全灭达姿的‘反射镜子骑士’，然后达姿召唤出强大的怪兽——西诺洛斯向海马袭来。

海马牺牲了，留下暗游戏独自对抗达姿。面对攻击力2万的西诺洛斯，游戏只能采取防守。这时，暗游戏抽出了贝卡斯那里获得的一张卡‘传说之心’——拥有解锁‘传说之龙’真正姿态能力的卡片。

在一万年前，在亚特兰蒂斯前国王艾亚哈特（达姿之父）的召唤下，3条「传说之龙」率领决斗怪兽大军与黑暗之王——操控奥利哈刚之力的现国王达姿进行决战。其中「蒂迈欧」的眼睛、「克里底亚」的牙齿、「赫谟」的爪子均被利剑刺伤。虽然最终战败，不过也让达姿的力量大损，由霸王（溟海）趁机封印，但是3条「传说之龙」也因此受到了诅咒，被水晶封印在决斗怪兽世界的城堡中，等待着主人的来临，与黑暗力量进行决战的时刻。

而曾经寻找过决斗怪兽历史的帕伽索斯研究「传说之龙」石板上的古代文字得知，「传说之龙」现有的形态并不是它们真正的姿态，因此创造了1张名为「传说之心」的卡，成为引导他们恢复原本姿态的力量。