结论指鹿为马，和中共“和平解放台湾”的攻势，混为一谈。颇有雷震《自由中国》，已和毛泽东互通声气，要把蒋家的天下，瓦解崩溃，这篇“特种指示”，不仅火药气特浓，更是满纸“狼来了”的歇斯底里。
说理说不过《自由中国》，只好采取“说理”以外的办法，先是骚扰，用特务力量，压迫承印该刊的印刷所，拒绝买卖，雷震叹他的苦经时说：
“《自由中国》半月刊的稿子一旦送到印刷所时，各方面的特务就川流不息的跑到印刷所索取已经排好的稿子，拿回去审查后而来找麻烦，他们就可以大邀其功。这些持务本是不学无术，而又带着‘有色眼镜’—成见，来看稿子，据说有警备总部的特务，有宪兵司令部和首都警察局的特务，印刷厂因不胜其烦，所以不愿续印了。还有，特务老爷竟敢命令印刷厂不要给《自由中国》半月刊印刷。后来在台北长沙街的精华印书馆系立法委员陈纪滢介绍的，说他印刷好，排印错字少，中央研究院的东西都是在那里印的。我就移到精华印书馆，并订有合同，由陈纪滢作证人。不料后来陈纪滢撤回‘证人’，且叫精华印书馆不要再印了，以免麻烦。这件事陈纪滢不够朋友，不仅不来帮忙，反来扯腿。关于印刷所的事情，我们在十年功夫里，竟换了七个厂，还说了不少的好话。”[13]
其次，以挖墙脚、卧底的惯技，制造雷震的困扰。
《自由中国》第二十卷第二期一九五九年出版，登了两则读者投书。它们是《军人也赞成反对党》和《革命军人为何要以‘狗’自居？》署名的为陈怀琪。
《自由中国》的编辑部，处理这样敏感性的读者投书，显然，没有认真调查核实作者的真伪，防范经国的恶作剧，“无处不是战场，无时不是战斗”的点面战术。出刊不久，陈怀琪即写就万余字的长函，要求雷震“来函照刊”。《自由中国》于两期后，虽予更正，陈不满意，乃在党报《中央日报》，官报《新生报》，军报《青年战士报》，和《联合报》，以广告方式，全函揭载。
陈怀琪仅一收入菲薄的军人，他哪来的钱支付巨额广告费呢？谁在幕后指使插手，已不言而喻。跟着陈向台北地方法院提出自诉，责雷犯“伪造文书”、“诽谤”和“有利于叛徒之宣传”等三项罪名。在此同时，警总下达公函，谓该投书有“匪谍”嫌疑。《自由中国》发表的反驳声明，除《联合报》和真正独立的《公论报》照登以外，党报只字不刊。
陈怀琪其人的背景来历，官方讳莫如深，仅日本《读卖新闻》的记者若莱正义，略知一二：
“陈怀琪一切讲话，完全依照写好的稿子照念。不敢多讲一字，由于要控告《自由中国》半月刊，故暂迁来台北居住（福州街的陆军服务社）。
‘这次广告费一定花了不少钱？’若莱问。‘为自已名誉计而不得不如此，且系借贷而来。’”
一九五九年二月二日，雷震接获台北地方法院检察官的传票，规定于次日下午一时应讯。
庭讯经过，有雷的自述，可供参考：
“三月三日下午一时二十五分，我到台北地方法院检察庭应讯，殊不料有一百多位学生已在法院检察庭门口等候。因为检察庭不能旁听，他们等我出来后始散去。还有一位青年人，一定要送我一百元台币，帮助讼费，青年人之有正义感，由此可见一斑。此外除《自由中国》社职员外，还有《自立晚报》社长李玉阶和青年党领袖夏涛声、诗人周弃子诸先生。李、夏二人还携带机关图章来，必要时给我作保之用，但检察庭未要交保。检察官为谢俊峰，广东人，习法律。另有一位书记官，文笔则不通。我进入检察庭后，检察官对我说：‘雷先生，我对你很敬仰。’又搬张椅子给我坐。检察官告诉我说：陈怀琪控告你三个罪：‘伪造文书’、‘诽谤名誉’和‘触犯惩治叛乱条例第七条：有利于叛徒之宣传’。旋由检察官开始问话，我除口头答复外，并将陈怀琪投书贴在一个本子上送交检察官。最后检察官嘱我补个书状。我于四时二十分退出。在庭外等候的学生和新闻记者围拢来问我许多话，我说：‘现已进入司法程序，不愿作进一步的说明，’谢谢各位关心！’
胡适先生很焦急，曾打几个电话来。是日下午六时模样，我去南港中央研究院。胡适倒杯酒给我喝，说给我压惊。他盛称我之出席法庭受讯，是最文明的。”[14]二十天后，雷再度应讯，雷说：
“三月二十三日，地方法院检察处又送来一张传票，嘱我于三月二十五日出庭应讯。我届时出庭，又看到陈怀琪和他的训育主任陆伯琨。陆告我‘伪造文书’来诽谤他。检察官问我何以要登出这件投书？我答复说：‘我反对国民党在所有军队中，包括宪兵警察等持有武力的机关里设立国民党党部，那是违反现行宪法第一百三十八条和第一百三十九条的基本国策的。’检察官又问我对军中政治教育意见如何？我说：‘在军队中宣传宪法，我是赞成的，而宣传任何党派的党义我是反对的。’检察官又问我参加过党派没有？我答说：‘民国十五年（一九二六年）五月七日国耻纪念日在东京加入国民党的。回国后做过国民党南京特别市党部常务委员，我是民国二十四年（一九三五年），国民党第五次全国代表大会选出的中央监察委员，第六届连任。国民党总裁来台后，擅自取销了第六届中央委员，而另设‘改造委员’，我是改造委员会下面设计委员会的设计委员。由于主持《自由中国》半月刊而批评了国民党及其政府，民国四十三年（一九五四年）由于登了一篇《抢救教育危机》而被国民党总裁开除国民党党籍，现在是一个无党派的人了。”[15]