当局明知理亏，仍顽抗到底，三月九日，党报以《吴案应究办到底》，发表社论，硬指吴所谓“政见不同”，是“阴谋诡计”，意图使“法律问题转变为政治问题”。同时重弹外国自由主义污蔑台湾“独裁专制”的老调，说吴与“外国的‘粉红色伙计’携手”、“以自由破坏自由”。

三月十七日，国大第十次大会“一致”通过临时动议，

“建议政府以该员迅即吊销护照，勒令回国依法处办，如违即予明令撤职通缉归案，以维国纪而正官常案”。

同日，发挥高度行政效率，蒋先生发表“总统命令”，作为事件的尾声。

“总统四十三年（一九五四年）三月十七日令：

据行政院呈：‘本院政务委员吴国祯于去年五月借病请假赴美，托故不归，自本年二月以来竟连续散播荒诞谣琢，多方诋毁政府，企图淆乱国际视听，破坏反共复国大计，拟请予以撤职处分，另据各方报告，该员前在台湾省主席任内，多有违法与渎职之处，自应一并依法查明究办，请鉴核明令示遵’等情。查该吴国祯历任政府高级官吏，负重要职责者二十余年，乃出国甫及数月，即背叛国家污蔑政府，妄图分化国军，离间人民与政府及侨胞与祖国之关系，居心叵测，罪迹显著，应即将所任行政院政务委员一职予以撤免，以振纲纪，至所报该吴国祯前在台湾省政府主席任内违法与读职情事，并应依法彻查究办，此令。”[21]

“政务委员”一职，在吴氏辞省主席时，即坚辞不允，现在“予以撤免，以振纲纪”，完全是黑白倒置，自我下台好办法。“违法读职”更是莫须有，有失风度的政治手法。

吴修潢，后来通过蓝钦大使缓颊，当局放人。但事件过程中，台北新闻界的一些做法，纵非当局授意，当局未予阻止，却颇受非议。故事经过如下：

“自从吴国祯发表诋毁政府的言论后，却使吴修潢深深陷入苦闷之中，同学们的冷嘲热讽，使得他再也安不下心来研习功课，三天两次请假。为了逃避一部分同学的揶揄和白眼，他拿起父亲关国祯的印章向学校要求转学，虽然经学校当局劝阻了，但是他的苦闷是可以想见的。他已是失去了蹦跳的活力，眼镜下是一双失神的眸子。问起他对他爸爸最近的言论有何感想时，他带着些愤怒和难以掩饰的痛苦说：‘那是我爸爸的事，我完全不知道，我也不想知道，我只愿意念书，其它什么问题我都无兴趣。’但是稍稍平静之后．他又说：‘如果爸爸是胡说的，那末我希望他不要再错下去了，不能再错下去了’。吴修潢的性格似乎是比较内向的，在学校除了功课，他对课外的团体活动，一向无多大兴趣，而且许多想法也很不健全。他心中所念念不忘的，还是到美国去念书。他的爸爸临走时曾对他说：‘孩子你不要难过，我们不久就会见面的’，他仍寄予无限的希望。可是由于吴国桢在国外种种卑劣的行为，倒先作了儿子的罪人了。”[22]

整个事件，系由经国而起，吴函所指“若干人士”，尚有保留，等另刊出《上总统书》，重申六项建议，提出特务迫害问题，才对经国正式点名。说太子是台湾“政治进步之一大障碍，主张送入“（美国）大学或研究院读书……在大陆未恢复以前，不必重返台湾”。同时批评蒋先生“自私之心较爱国之心为重，且又固步自封，不予任何人以批评建议之机会。”

国民党要员中，如此批评蒋先生的，除胡汉民、孙科，则数吴氏。但前者言论扩散的影响，仅限于国内，吴国祯直接诉诸于美国公众之前，等于一颗威力的原子弹，丢到蒋先生父子的后院，发出惊人的震动。

台湾内部的反应，和官方幕后策动的“声讨”、“上书”、“签名”，表里悬殊。包括副总统陈诚在内，都觉得经国做的太过火。陈氏一人之下，万人之上，尚难逃小蒋特务系统的监视，一般人的处境如何，可思过半。吴出此下策，谁曰非经国逼人过甚所致。

胡适之离台返美前的一段话，至为公允，他说：

“前台湾省主席吴国祯批评政府或许对于国家还有点好处，假使吴所讲的话有一部分是真实不假，那末我们就不应该因其系出自吴国祯之口便拒绝加以考虑……。假使那封信讨论到几项根本问题；其所发生的结果竟能使实行改革成为必须，那岂不是说对于国家倒反有了益处吗？”[23]

语虽委婉，其言中肯，可说代表沉默大众的心声。

事后，蒋先生一定很后悔，当年“义释华容道”的差错，不让吴出走，吴即不可能借外国政治的保护，为所欲为（指随意放言批评政府）。蒋绝非妇人之仁的领袖，释吴出于夫人的劝说和影响，使我们清楚地看出，经国和夫人间的斗争，由吴案更趋于表面与白热化。