依官方公布的调查报告，以及其它非官方的资料，“孙立人事件”的经过，大致如下：

主犯郭廷亮，三十四岁，原籍云南，税警总团干部教练所学员队二期毕业，时孙任团长。改新三十八师，郭是中尉排长，改新一军，郭升少校营长，一九四八年六月，驻军沈阳，和米店主人白经武结识，经白介绍，与李玉竹女士结婚，白借机“以匪党言论煽惑”。沈阳失陷，郭要求白协助取得路条，白介绍其兄经文，任吕正操部联络科科长，白经文嘱郭到台时，须为中共工作。郭因而顺利离开解放区，经天津、上海转台。[20]

郭到台后，先后任孙部少校营长、陆总搜索组大队长、步校教官、陆总第五署督训组。但“郭在四十三年（一九五四年）八月以前，并无显著或积极之匪谍活动。”一九五四年九月，某晚七时许，有操北方口音的李X到郭家相访，李谓：“白先生要你积极进行，不久他会到台湾来。”郭随即执行所交代之任务，利用与孙多年长官部属关系，在军中联络少尉级军官一百零数人，预备于适当时机，发动“兵谏”。

孙交卸陆军总司令时，曾令陆总督训组副组长于新民造册，把各军师团单位的联络人送孙。一九五四年八月和十月，孙曾两度召见郭廷亮，了解联络进展情况。

从犯六人，为三十七岁的江云锦，曾任陆军官校干部训练总队大队长，“陆总”第五署督训组副组长。“借到部队督训机会，在每一团中，指定职阶较高，学识较优，年资较深之同学为负责人，与部队中之各同学联络。”田祥鸿，三十岁，四川人，任上尉情报官，受郭指示，“把军训班（第四军官训练班）同学联络起来，结成一股力量”，“向政府提出改革事项。”刘凯英，二十九岁，安徽合肥人，供职某部，任第四军官训练班学生联络人。还有陈良埙，三十四岁，福建林森人，孙的随从参谋，和中校督导官李成亮。

六月初，国军在台南地区，举行总统亲校，孙等选定此时，为发难日期。郭廷亮于五月十五日，[21]台北谒孙，向孙报告，XX部队将在五月二十二日至六月二日开始团教练。“此项休息时间为采取行动最佳之时期。”孙本人计划于五月二十五日左右南下，以XXX为指挥所，“将于五月底或六月初有所行动”。

事情发生变的，孙决定于二十八日去南部，但“奉谕”于三十日与蒋先生同坐飞机，郭廷亮则已于二十五日被捕，仅由陈良埙于二十八日乘车南下，沿公路通知各地人马。

六月六日，南部地区七万部队，举行检阅，来宾有专程自南朝鲜抵台的美国第八军军长泰勒中将和蔡斯团长。受检部队，规定晨四时半前，抵屏东机场受检位置。预定上午九时半，正式检阅开始[奇Qisuu.ｃom书]，但延至十一时三十的，始克举行，检阅台前，两度用扫雷器进行反复检查。[22]

一说，孙事机不密，已先后有二十余人，向当局告密，证诸郭廷亮于事发前十二日被捕，情治单位，早掌握同谋人的动态；一说，某炮兵连突奉命携带弹药，引起某炮长怀疑，偷偷溜出营房向政治部主任阮成章报告转报安全局，于是毛人凤奉命专机南下，事败案发。

孙的“同谋”事发先后，分别被捕，仅刘凯英脱逃，且获孙资助。但国民党当局仍不动声色。六日，蒋先生在高雄设宴，为泰勒洗尘时，陪客中尚有孙立人在座。此后，六月十五日的黄埔军官学校成立校庆，和为蔡斯返国举行的联合欢宴席上（俞大维主持）再看不到将军的身影，孙实际上，受到看管侦讯之中。

外电率先报导孙被捕消息，当局却闷声不响。到八月三日，也就是说封锁了两个月，始公布孙辞职的消息。

辞职书虽吞吞吐吐，已呼之欲出。孙说：

“……近者陆军部队发生不肖事件，奉副总统谕示郭廷亮案情，日前黄、傅两局长奉命交阅江云锦等供词资料，职涉有重大之罪嫌，钧座未即付之法司，仰见格外爱护之恩德，天高地厚，感激涕零。伏念弱冠之年，即追随钧座，今已两鬓均斑，无日不在培植之中，感激知遇，应有以上报，乃今日竟发生此种不肖事件，抚衷自省，实深咎愧！拟请赐予免职，听候查处，倘蒙高厚，始终保全，俾闭门思过，痛悔自新，则不胜感激待命之至！”[23]

那末，究竟是什么事，是陆军部队发生的“不肖事件”，使孙“抚衷自省，实深咎愧”呢？当局讳莫如深，贯彻其“民可使由之，不可使知之”的原则，或持“犹抱琵琶半遮面”的无奈心理，以致谣言四起，众说纷纭，甚至距今二十八年，迄无是耶非耶的公断。